Το πεδίο εφαρμογής του Ειδικού Προγράμματος είναι οι κτιριακές εγκαταστάσεις που χρησιμοποιούνται για κατοικία ή στέγαση πολύ μικρών επιχειρήσεων. Συνεπώς δεν μπορούν να ενταχθούν στο Πρόγραμμα ΦΒ συστήματα επί κτιρίων ή κατασκευών που χρησιμοποιούνται για άλλους σκοπούς.
Πιο συγκεκριμένα σε αγροτικές αποθήκες, στις οποίες λαμβάνει χώρα επιχειρηματική δραστηριότητα (π.χ. συλλογή και επεξεργασία αγροτικών προϊόντων) και ο αγρότης υπάγεται για τη δραστηριότητα του αυτή στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ ως επιτηδευματίας, μπορεί να εγκατασταθεί ΦΒ σύστημα του Ειδικού Προγράμματος.
Εάν υπάγεται στο ειδικό καθεστώς ΦΠΑ των αγροτών δεν μπορεί το ΦΒ σύστημα να ενταχθεί στο Ειδικό Πρόγραμμα. Σημειώνεται ότι βάσει του Κώδικα Βιβλίων και Στοιχείων μόνο οι αγρότες που έχουν ενταχθεί στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ θεωρούνται επιτηδευματίες.