Ο φυσικός τρόπος αποικοδόμησης της οργανικής ύλης, απουσία αέρα. Το κύριο πλεονέκτημα είναι ότι σε αυτή τη διεργασία γίνεται χρήση της πρώτης ύλης με τη μορφή πολτού ή ιλύος, όπως η ιλύς λυμάτων ή η βιομηχανική λάσπη από ίνες, ή υγρή ζωική κοπριά, τα απορρίμματα τροφίμων και άλλα συναφή υλικά που δεν μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την παραγωγή ενέργειας με οποιονδήποτε άλλο τρόπο. Στον αντίποδα, το κύριο μειονέκτημα είναι η διεργασία είναι πολύ ευαίσθητη σε αλλαγή της ποιότητας των πρώτων υλών. Έτσι, δυσχερέστερες συνθήκες στο χωνευτήριο οδηγούν σε βραδύτερες αντιδράσεις και χαμηλότερες αποδόσεις.

Το προϊόν από την αναερόβια χώνευση είναι ένα μίγμα αερίων (βιοαέριο), κυρίως μεθανίου, περίπου 50 – 70%, διοξειδίου του άνθρακα κατά 30 – 45% και υδρόθειου, αμμωνίας, υδροχλωρίου και άλλων προσμίξεων. Το αέριο μπορεί να καεί σε λέβητες ή σε μηχανές εσωτερικής καύσης χωρίς αναβάθμιση – ωστόσο είναι πιο συνηθισμένο να πραγματοποιείται πρώτα η αναβάθμιση του αερίου σε ποσοστά μεθανίου άνω του 95% με προσρόφηση ή πλύση υπό πίεση.